一馬三司令劇情講述了馬氏三兄弟，面對日寇強(qiáng)敵入侵不當(dāng)亡國奴，毅然組織山東長山中學(xué)學(xué)生和當(dāng)?shù)孛癖娎鹞溲b，與日寇血戰(zhàn)到底，最后壯烈犧牲的故事。

　　1937年，日軍挑起了盧溝橋事變，自此后抗日戰(zhàn)爭全面爆發(fā)。許多熱血愛國青年學(xué)生不甘心成為亡國奴，學(xué)生們聽說了馬耀南(張明健 飾)校長也是愛國之人，紛紛涌到馬耀南的辦公地點(diǎn)，向門衛(wèi)提出見馬耀南。門衛(wèi)回屋向馬耀南報(bào)信，馬耀南一聽是學(xué)生們來訪，立即讓門衛(wèi)放學(xué)生們進(jìn)屋。學(xué)生們一進(jìn)屋就向馬耀南表達(dá)敬意，紛紛提出跟隨馬耀南一起抗日。國民黨派到學(xué)校的教導(dǎo)主任劉國干見勢頭不妙，當(dāng)場指責(zé)馬耀南企圖向?qū)W生們灌輸共產(chǎn)黨思想。馬耀南面不改色否認(rèn)了劉國干的誣陷，劉國干提醒馬耀南老老實(shí)實(shí)做好自己的本職工作，如果查到他企圖與國民黨作對，國民黨一定不會放過他。

　　馬耀南在家里排行老大，在他下面還有二個(gè)弟弟。二弟叫馬曉云(李君峰 飾)，三弟叫馬天民。兄弟三人都是鐵骨錚錚的漢子，對入侵中國的日軍恨之入骨。

　　戰(zhàn)亂年代，全國各地治安混亂，一伙土匪深夜來到馬家外面，企圖闖入馬家打劫。馬曉云爬上墻頭打量聚集在門外的土匪，堅(jiān)決不肯服軟。土匪們決定強(qiáng)攻馬家，馬曉云帶領(lǐng)家丁們把點(diǎn)燃的草垛扔到屋外，制造重重濃煙，利用濃煙與門外的土匪們周旋。土匪們不熟悉地形，被濃煙擋住了視線，亂成一團(tuán)。馬曉云趁機(jī)帶領(lǐng)家丁們沖到屋外，打死打傷了許多土匪。斬草要除根，馬曉云一不做二不休，決定擊斃土匪頭目。關(guān)鍵時(shí)刻，有人趕了過來，勸說馬曉云手下留情。馬曉云看在來人的面子上，放了土匪頭目一馬。

　　劉國干身為國民黨員，將馬耀南視為潛在的敵人。馬曉云為馬耀南鳴不平，暗地里向正在屋內(nèi)吃飯的劉國干扔飛鏢，暗示劉國干做人不能太囂張。劉國干和兩個(gè)同伴見有飛鏢飛進(jìn)屋，嚇得魂不附體趴到桌下。劉國干認(rèn)定扔飛鏢的人是馬耀南，于是向吳縣長告狀。馬耀南面對劉國干的指責(zé)，一頭霧水否認(rèn)自己扔飛鏢恐嚇劉國干。

　　日軍北方司令多田駿召開會議，與手下人商量作戰(zhàn)計(jì)劃。日軍攻入中國勢如破竹，如果攻下了北方各大城市，將會重創(chuàng)中國人抗日決心。

　　國家被外敵入侵，國民生活在水深火熱當(dāng)中。馬耀南雖然從事教育工作，但他也是鐵血男子，不甘心看著祖國淪陷，決定棄筆從戎，投身到抗日行動中。馬曉云和馬天民得知大哥馬耀南計(jì)劃組建隊(duì)伍抗日，兄弟兩人二話不說支持馬耀南。馬母得知馬耀南準(zhǔn)備抗日，說什么也不同意。馬耀南沒有氣餒，守在母親住的房門外面，母親其實(shí)也是愛國之人，無奈之下妥協(xié)讓步，同意馬家兄弟三人抗日。

　　馬耀南得到母親支持，義無反顧組建了一支抗日隊(duì)伍，許多愛國百姓聽到消息，紛紛前來投奔馬耀南。隊(duì)伍迅速壯大，從最開始的馬家兄弟三人擴(kuò)大到了數(shù)百人。馬耀南搖身一變成了馬司令，躊躇滿志召集手下人訓(xùn)話。