1990年，臺(tái)灣藝校大學(xué)二年級(jí)的吳倩蓮參演首部電影，與劉德華主演《天若有情》，獲得第十屆香港電影金像獎(jiǎng)最佳新演員提名 。
1993年，與郭富城主演《天若有情2之天長地久》。
1994年1月，推出首張個(gè)人專輯《天下浪子不獨(dú)你一人》，奪得十大中文金曲最有前途新人金獎(jiǎng) 、叱吒樂壇生力軍女歌手銅獎(jiǎng)；主演李安執(zhí)導(dǎo)的電影《飲食男女》 。1996年，與張國榮聯(lián)袂主演電影《夜半歌聲》，榮獲“長春國際電影節(jié)”最佳女主角 ；同年，與周潤發(fā)主演電影《和平飯店》；與劉德華再次合作，主演《天若有情3之烽火佳人》
1998年，與任賢齊合作，主演中國臺(tái)灣臺(tái)視拍攝的電視劇《神雕俠侶》，吳倩蓮飾演小龍女一角 ；同年，與黎明主演許鞍華執(zhí)導(dǎo)的電影《半生緣》，獲得第17屆香港電影金像獎(jiǎng)最佳女主角提名 ，榮獲第四屆香港電影影評(píng)學(xué)會(huì)最佳女主角 。
2000年，與李亞鵬主演的中國內(nèi)地電視劇《京港愛情線》在北京電視臺(tái)第一套節(jié)目的黃金檔播出，吳倩蓮在劇中飾演方明一角 。
2002年吳倩蓮出任自己網(wǎng)站的CEO。2005年，在電視劇《阮玲玉》中出演阮玲玉一角 。2005年，在胡軍主演的電視劇《楚漢風(fēng)云》中飾演呂雉一角 。
2006年，在歷史電視劇中《北魏馮太后》出演第一女主角，飾演16歲到49歲的馮太后 。
2013年1月，參演的電視劇《唐朝浪漫英雄》播出，飾演葉塘蓮一角 。
2007年，39歲生日的吳倩蓮與拍拖3年的男友在美國拉斯維加斯注冊結(jié)婚，結(jié)婚2年后，41歲的吳倩蓮生下兒子。
吳倩蓮不算美女，但勝在清新（新聞晨報(bào)評(píng)） ；1998年，吳倩蓮在臺(tái)灣臺(tái)視拍攝的《神雕俠侶》中飾演小龍女，因?yàn)閰琴簧彴娴男↓埮畯钠つw到衣著都黑，因而打破了小龍女在書迷和影迷心中的一貫形象；吳倩蓮雖然不是美若天仙，但氣質(zhì)清冷是所有小龍女里看起來最遺世獨(dú)立的（東方網(wǎng)評(píng)） 。