1990年，臺灣藝校大學二年級的吳倩蓮參演首部電影，與劉德華主演《天若有情》，獲得第十屆香港電影金像獎最佳新演員提名 。

1993年，與郭富城主演《天若有情2之天長地久》。

1996年，與張國榮聯袂主演電影《夜半歌聲》，榮獲“長春國際電影節(jié)”最佳女主角 ；同年，與周潤發(fā)主演電影《和平飯店》；與劉德華再次合作，主演《天若有情3之烽火佳人》

1998年，與任賢齊合作，主演中國臺灣臺視拍攝的電視劇《神雕俠侶》，吳倩蓮飾演小龍女一角 ；同年，與黎明主演許鞍華執(zhí)導的電影《半生緣》，獲得第17屆香港電影金像獎最佳女主角提名 ，榮獲第四屆香港電影影評學會最佳女主角 。

2000年，與李亞鵬主演的中國內地電視劇《京港愛情線》在北京電視臺第一套節(jié)目的黃金檔播出，吳倩蓮在劇中飾演方明一角 。

2002年吳倩蓮出任自己網站的CEO。2005年，在電視劇《阮玲玉》中出演阮玲玉一角 。2005年，在胡軍主演的電視劇《楚漢風云》中飾演呂雉一角 。

2006年，在歷史電視劇中《北魏馮太后》出演第一女主角，飾演16歲到49歲的馮太后 。

2013年1月，參演的電視劇《唐朝浪漫英雄》播出，飾演葉塘蓮一角 。

2007年，39歲生日的吳倩蓮與拍拖3年的男友在美國拉斯維加斯注冊結婚，結婚2年后，41歲的吳倩蓮生下兒子。

吳倩蓮不算美女，但勝在清新（新聞晨報評） ；1998年，吳倩蓮在臺灣臺視拍攝的《神雕俠侶》中飾演小龍女，因為吳倩蓮版的小龍女從皮膚到衣著都黑，因而打破了小龍女在書迷和影迷心中的一貫形象；吳倩蓮雖然不是美若天仙，但氣質清冷是所有小龍女里看起來最遺世獨立的（東方網評） 。